Cloudera 宣布与博德研究所合作

根据 Cloudera 上月报道，他们将会与博德研究所共同合作研究博德研究所的Genome Analysis Toolkit 第四代产品Hellbender(GATK4)。InfoQ 之前对其进行过相关报道。

Cloudera 的生命科学部门负责人 Shawn Dolley 称 GATK4 可以节约成本，并减少了研发时间，并同时宣布有关博德研究所与各种云 IaaS 提供商的广泛合作，但不提供定量的标准。Dooley 提到了合作工作所能带来的优势，

2014 年 Cloudera 与 Spark 之间的合作，推动我们成为首个可以交付、支持并提供 Spark 培训的 Hadoop 供应商。我们很荣幸可以将我们的专业知识运用到多 omic 生物标志分析领域，投资基于 Spark 的生物信息学标准，并与博德研究所合作创造下一代 GATK 产品。这种低成本的基因组测序和大数据技术的领先技术相结合，代表着我们可以更广泛地对患者的基因组进行测序，并产生之前从未得到过的数据集。

云平台的用例和架构注重于避免重复的基础设施，并推进最佳实践，使用户可以深入理解观察疾病和治疗方法，而不仅仅是管理基础设施。博德研究所数据科学和数据工程高级总监、GATK 软件包创始人 Eric Banks 博士说，

博德研究所的 GATK 产品目前有超过 31000 名注册用户。绝大多数用户建立了本地计算存储基础设施，以处理需要进行基因分析的庞大信息。这些合作将为我们消除传统技术的限制，同时给予相同高质量数据处理水平提供新的机会。

关于 GATK 之前的版本到 GATK4 之间性能的提升，Bank 表示，

在 Cloudera 企业版中使用 Spark 计算框架，给予了我们在 GATK3 上因其计算复杂程度无法实现的工具。在 Cloudera
企业版上，我们现在可以以快于先前版本的 GATK 两个数量级的速度来运行基因数据分析，加速反复分析，推进基因创新。

博德研究所与 laaS 提供商的广泛合作旨在让下一代 GATK Spark 可以基于 SaaS 模型使用，让用户可以通过不同的 laaS 登录 GATK4，而不受特定提供商的限制。GATK4 最早将在今年发布，根据提供商不同价格也会不同。免费的许可证将会提供给学术研究，而收费的许可证将可以供给商业用户使用。

查看英文原文： Cloudera Announces Partnership with the Broad Institute

感谢张龙对本文的审校。

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