写点什么

Windows Azure 上的 NCBI BLAST

  • 2010-12-18
  • 本文字数:873 字

    阅读完需:约 3 分钟

NCBI BLAST 的全名是“国家生物学信息中心的基本本地排列搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool of the National Center for Biotechnology Information)”。 NCBI BLAST 是由工作在国家卫生研究所的一组研究员创建的,那是美国卫生和人类服务部的一个部门。 NCBI 把 BLAST 描述为一种工具,它能够找到序列之间类似的部分。 程序会把核苷酸或者蛋白质的序列与序列数据库相比较,并计算符合的统计学意义。 BLAST 可以被用于推论出序列之间的功能和进化关系,还有助于识别基因家族中的成员。

11 月 6 日,微软宣布他们在Windows Azure 上提供了NCBI BLAST 。 在一个演示中,它们采用了西雅图儿童医院的一个项目来检验已知蛋白质序列的相互关系。 他们声称,如果使用单独的计算机,那么这项分析会花费六年的时间,而Windows Azure 上的NCBI BLAST 完成这项计算只需要一周。 (注意到这里并没有给出“一台计算机”的具体配置。 单独一台超级计算机会比笔记本电脑当然会快得多。) 在另一项演示中,他们为华盛顿大学分析了细菌中的制氢过程。 据微软所说,“当哈佛实验室的本地资源无法处理该项计算时,研究员们把他们的需求提交给全国范围内的计算机集群,但是由于它会占用很长的任务队列时间,两天之后请求就被拒绝了。” 他们继续说到,在Windows Azure 上只花了三天时间就完成了所有的计算。

Windows Azure 能够运行三种不同版本的 BLAST,BlastP、BlastN 和 BlastX。 BlastP 是用于在蛋白质数据库中搜索类似序列的。 BlastN 会对 DNA 序列做相同的工作。 BlastX 是用于比较 DNA 序列和蛋白质序列数据库的概念性转换的。 所有三种应用程序都可以不需改变就运行在 Windows Azure 上。 此外,还需要专注于用户界面的 web 角色,以及在 BLAST 应用程序的各个分离实例中分配工作的 worker 角色。

Windows Azure 上的 NCBI BLAST 已经通过微软的“全球云研究协作计划 (Global Cloud Research Engagement Initiative)”免费提供给很多位研究员。 这个项目也被叫做“ Azure 参与研究项目(Azure Research Engagement Project)”。

查看英文原文: NCBI BLAST for Windows Azure

2010-12-18 00:551335
用户头像

发布了 340 篇内容, 共 138.8 次阅读, 收获喜欢 13 次。

关注

评论

发布
暂无评论
发现更多内容

黄东旭:2025 数据库技术展望

PingCAP

数据库 TiDB

TiDB 的高可用实践:一文了解代理组件 TiProxy 的原理与应用

PingCAP

数据库 TiDB

你需要什么样的资源隔离?丨TiDB 资源隔离最佳实践

PingCAP

数据库 TiDB

唐刘:TiDB 的 2024 - Cloud、SaaS 与 AI

PingCAP

数据库 TiDB

1688平台API商品详情和关键词搜索:深入探索批发电商数据的钥匙

代码忍者

1688API接口

解读TaurusDB字段压缩:减少存储成本,避免语句大量修改

华为云开发者联盟

OpenAI 宕机思考丨Kubernetes 复杂度带来的服务发现系统的风险和应对措施

阿里巴巴云原生

阿里云 云原生 nacos

Finovy 国际数据中心公网互联新突破,直连 Huawei Cloud与 Apple!

Finovy Cloud

数据中心 ISP

狂飙 50 倍丨TiDB DDL 框架优化深度解析

PingCAP

数据库 TiDB

TiDB 助力广发银行零售信贷业务管理平台成功上线

PingCAP

数据库 TiDB

TinyEngine v2.1版本发布:全新的区块方案和画布通信方案,打造更强力的可拓展低代码引擎

OpenTiny社区

开源 前端 低代码 OpenTiny

铝杆加工行业:从生产流程到智能化管理-MES系统解决方案全解析

万界星空科技

制造业 mes 铝杆加工 铝业 铝杆加工行业

DNS解析中的TTL值是什么意思?怎么设置合适?

国科云

推荐几个不错的 Linux 服务器管理工具

不在线第一只蜗牛

Linux 运维 服务器

阿里巴巴API接口对电商的影响与收益

科普小能手

数据挖掘 阿里巴巴 数据分析 电商 API 接口

数禾科技:资源成本降低 50%!用 TiDB 实现技术栈简化的实践和收益

PingCAP

数据库 TiDB

MiniMax TTS新模型T2A-01-HD:情感控制10秒克隆限时免费;真人表演+文本命令,Kinetix精准生成角色动作

声网

云消息队列 Kafka 版 V3 系列荣获信通院“云原生技术创新标杆案例”

阿里巴巴云原生

kafka 阿里云 云原生

Envoy 开启 HTTP2 后偶现 404 如何解决?

阿里巴巴云原生

阿里云 云原生 envoy

和鲸科技受邀出席 2024(第四届)“风电领跑者”技术创新论坛

ModelWhale

人工智能 大数据 AI 风电

探索微店商品详情API接口:解锁高效电商管理的关键工具

代码忍者

微店商品详情API接口

5 分钟复刻你的声音,一键实现 GPT-Sovits 模型部署

阿里巴巴云原生

阿里云 云原生

Windows Azure上的NCBI BLAST_.NET_Jonathan Allen_InfoQ精选文章