写点什么

Windows Azure 上的 NCBI BLAST

  • 2010-12-18
  • 本文字数:873 字

    阅读完需:约 3 分钟

NCBI BLAST 的全名是“国家生物学信息中心的基本本地排列搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool of the National Center for Biotechnology Information)”。 NCBI BLAST 是由工作在国家卫生研究所的一组研究员创建的,那是美国卫生和人类服务部的一个部门。 NCBI 把 BLAST 描述为一种工具,它能够找到序列之间类似的部分。 程序会把核苷酸或者蛋白质的序列与序列数据库相比较,并计算符合的统计学意义。 BLAST 可以被用于推论出序列之间的功能和进化关系,还有助于识别基因家族中的成员。

11 月 6 日,微软宣布他们在Windows Azure 上提供了NCBI BLAST 。 在一个演示中,它们采用了西雅图儿童医院的一个项目来检验已知蛋白质序列的相互关系。 他们声称,如果使用单独的计算机,那么这项分析会花费六年的时间,而Windows Azure 上的NCBI BLAST 完成这项计算只需要一周。 (注意到这里并没有给出“一台计算机”的具体配置。 单独一台超级计算机会比笔记本电脑当然会快得多。) 在另一项演示中,他们为华盛顿大学分析了细菌中的制氢过程。 据微软所说,“当哈佛实验室的本地资源无法处理该项计算时,研究员们把他们的需求提交给全国范围内的计算机集群,但是由于它会占用很长的任务队列时间,两天之后请求就被拒绝了。” 他们继续说到,在Windows Azure 上只花了三天时间就完成了所有的计算。

Windows Azure 能够运行三种不同版本的 BLAST,BlastP、BlastN 和 BlastX。 BlastP 是用于在蛋白质数据库中搜索类似序列的。 BlastN 会对 DNA 序列做相同的工作。 BlastX 是用于比较 DNA 序列和蛋白质序列数据库的概念性转换的。 所有三种应用程序都可以不需改变就运行在 Windows Azure 上。 此外,还需要专注于用户界面的 web 角色,以及在 BLAST 应用程序的各个分离实例中分配工作的 worker 角色。

Windows Azure 上的 NCBI BLAST 已经通过微软的“全球云研究协作计划 (Global Cloud Research Engagement Initiative)”免费提供给很多位研究员。 这个项目也被叫做“ Azure 参与研究项目(Azure Research Engagement Project)”。

查看英文原文: NCBI BLAST for Windows Azure

2010-12-18 00:551552
用户头像

发布了 340 篇内容, 共 145.6 次阅读, 收获喜欢 13 次。

关注

评论

发布
暂无评论
发现更多内容

如何对APP进行数据分析?

InfoQ IT百科

APP、小程序、H5,如何选择不同的开发载体?

InfoQ IT百科

银行App为什么都不怎么好用?

InfoQ IT百科

深入浅出 Zookeeper 中的 ZAB 协议

悟空聊架构

zookeeper ZAB 4月日更 悟空聊架构 4月月更

在 Amazon QuickSight 中使用 Athena 数据连接器可视化 DynamoDB 数据

亚马逊云科技 (Amazon Web Services)

DevOps 亚马逊云科技 career tutorial

下载软件哪个好?

InfoQ IT百科

如何在APP原型上写需求?

InfoQ IT百科

如何用Excel画图?

InfoQ IT百科

如何批量导出PPT里的图片?

InfoQ IT百科

Chrome如何启用隐身模式?

InfoQ IT百科

常见的中文电脑输入法软件有哪些?

InfoQ IT百科

如何用WinRAR将大文件分割成多个小文件?

InfoQ IT百科

如何将PDF转换成Word?

InfoQ IT百科

如何共享电脑上的文件?

InfoQ IT百科

如何给电脑文件夹设置密码?

InfoQ IT百科

深度学习—人工智能的第三次热潮

云智慧AIOps社区

人工智能 机器学习 深度学习

电脑上微信聊天记录的默认保存路径是在哪里?

InfoQ IT百科

有哪些好用的杀毒软件?

InfoQ IT百科

React Hooks 的实现必须依赖 Fiber 么?

云智慧AIOps社区

前端 大前端 React Hooks preact

浅识鸿蒙的Java技术栈

Bob

md文件要用什么软件打开?

InfoQ IT百科

开源规则引擎——ice:致力于解决灵活繁复的硬编码问题

RTE开发者社区

开源 规则引擎 Dev for Dev

电脑上切换输入法的快捷键是什么?

InfoQ IT百科

Chrome如何安装插件?

InfoQ IT百科

APP访问用户的通讯录后,会得到通讯录上的信息吗?

InfoQ IT百科

低代码让人人都是开发者,高校人才有了努力的新方向

一只大光圈

阿里 低代码 数字化 钉钉宜搭 浙江工商大学

怎么清理钉钉缓存的图片和文件?

InfoQ IT百科

如何认证成为亚马逊云科技 DevOps 专家?

亚马逊云科技 (Amazon Web Services)

DevOps 亚马逊云科技 tutorial caree

TASKCTL 应用工程与作业类型的定义

敏捷调度TASKCTL

DevOps 敏捷开发 批量任务 ETL系统 自动化运维

如何清除WinRAR压缩文件历史记录?

InfoQ IT百科

Excel表格中怎么防止重复录入数据?

InfoQ IT百科

Windows Azure上的NCBI BLAST_.NET_Jonathan Allen_InfoQ精选文章