大咖直播-鸿蒙原生开发与智能提效实战!>>> 了解详情
写点什么

Windows Azure 上的 NCBI BLAST

  • 2010-12-18
  • 本文字数:873 字

    阅读完需:约 3 分钟

NCBI BLAST 的全名是“国家生物学信息中心的基本本地排列搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool of the National Center for Biotechnology Information)”。 NCBI BLAST 是由工作在国家卫生研究所的一组研究员创建的,那是美国卫生和人类服务部的一个部门。 NCBI 把 BLAST 描述为一种工具,它能够找到序列之间类似的部分。 程序会把核苷酸或者蛋白质的序列与序列数据库相比较,并计算符合的统计学意义。 BLAST 可以被用于推论出序列之间的功能和进化关系,还有助于识别基因家族中的成员。

11 月 6 日,微软宣布他们在Windows Azure 上提供了NCBI BLAST 。 在一个演示中,它们采用了西雅图儿童医院的一个项目来检验已知蛋白质序列的相互关系。 他们声称,如果使用单独的计算机,那么这项分析会花费六年的时间,而Windows Azure 上的NCBI BLAST 完成这项计算只需要一周。 (注意到这里并没有给出“一台计算机”的具体配置。 单独一台超级计算机会比笔记本电脑当然会快得多。) 在另一项演示中,他们为华盛顿大学分析了细菌中的制氢过程。 据微软所说,“当哈佛实验室的本地资源无法处理该项计算时,研究员们把他们的需求提交给全国范围内的计算机集群,但是由于它会占用很长的任务队列时间,两天之后请求就被拒绝了。” 他们继续说到,在Windows Azure 上只花了三天时间就完成了所有的计算。

Windows Azure 能够运行三种不同版本的 BLAST,BlastP、BlastN 和 BlastX。 BlastP 是用于在蛋白质数据库中搜索类似序列的。 BlastN 会对 DNA 序列做相同的工作。 BlastX 是用于比较 DNA 序列和蛋白质序列数据库的概念性转换的。 所有三种应用程序都可以不需改变就运行在 Windows Azure 上。 此外,还需要专注于用户界面的 web 角色,以及在 BLAST 应用程序的各个分离实例中分配工作的 worker 角色。

Windows Azure 上的 NCBI BLAST 已经通过微软的“全球云研究协作计划 (Global Cloud Research Engagement Initiative)”免费提供给很多位研究员。 这个项目也被叫做“ Azure 参与研究项目(Azure Research Engagement Project)”。

查看英文原文: NCBI BLAST for Windows Azure

2010-12-18 00:551525
用户头像

发布了 340 篇内容, 共 144.9 次阅读, 收获喜欢 13 次。

关注

评论

发布
暂无评论
发现更多内容

小程序媒体组件-1

小恺

7月月更

包装类型

7月月更

电商平台数据可视化监控系统-Echarts-vue项目综合练习

武师叔

7月月更

新书上市 | 图解、幽默、有趣、简单的 Java 书

图灵教育

Java 程序员 计算机

长安链中的加密算法

长安链

渲染与云渲染:一部电影的制作25%的时间是在“等”

Finovy Cloud

GPU服务器

行业首个「视频直播技术最佳实践图」发布!

阿里云CloudImagine

阿里云 音视频 直播

GNU/Linux知识库(4)- 用户 & 权限

冯亮

Linux DevOps 操作系统 GNU

zookeeper-ACL权限相关

zarmnosaj

7月月更

JSON 和JavaScript 介绍与区别

devpoint

JavaScript json 7月月更

谈Java Record类

ES_her0

7月月更

Flutter 模拟火箭发射动画

岛上码农

flutter ios 移动端开发 安卓开发 7月月更

AWS Config

冯亮

云计算 DevOps 架构师 AWS 产品解决方案

Codeforces Round #787 (Div. 3)

KEY.L

7月月更

异步 API 设计之扇入扇出模式

宇宙之一粟

API 7月月更

【Docker 那些事儿】容器数据卷的妙手

Albert Edison

Docker Kubernetes 容器 云原生 7月月更

Istio组件Mixer介绍

阿泽🧸

istio 7月月更

九联科技开发板正式合入OpenHarmony主干

科技汇

SQL也能做AI ?没错!MLOps Meetup V3 回顾|OpenMLBD+SQLFlow+Byzer

星策开源社区

人工智能 机器学习 sql 特征平台

计算机组成原理之计算机最基本的工作原理

未见花闻

7月月更

手动上传表单数据+图片文件功能

猪痞恶霸

前端 7月月更

jQuery 的事件绑定

Jason199

jquery js 7月月更

Python已有列表和字典,为什么还需要元组?

迷彩

Python Python基础知识 元组 7月月更

自动化生成Javascript调用后台代码v0.5.3版本

老豆还编程

JavaScript API

【刷题记录】11. 盛最多水的容器

WangNing

7月月更

金融行业开放平台

穿过生命散发芬芳

7月月更 开放平台

17张图带你深度剖析 ArrayDeque(JDK双端队列)源码

程序员小毕

Java 源码 程序员 jdk 队列

Docker(二)Docker-Compose、网络、数据卷

神农写代码

玩转Liunx系统,看这篇文章就够了(三)

Java学术趴

7月月更

Windows Azure上的NCBI BLAST_.NET_Jonathan Allen_InfoQ精选文章