在跨职能团队中，所有成员都为了交付共同的商业价值而努力。它可能是相同的功能，也可能是相同的产品。虽然， 由于跨职能团队有许多内在优势，敏捷建议组建跨职能团队，但也有一些事项是各个组织需要注意的。
Jurgen Appelo 认为虽然跨职能团队的成本低于“职能筒仓”（functional silo），但跨职能团队仍然需要投入成本。据 Jurgen 所言，
无论如何…当您跨越“职能筒仓”，而不是在“职能筒仓”内部组建团队时，在团队协作上受到的惩罚更低一些，但绝不是零！
他提到跨职能团队的三个主要问题：
- 在项目级别的局部优化
- 因为跨项目之间的协调不足而导致效率低下
- 在专业人士之间的知识分享受限，从而导致缺乏专家
Jurgen 还指出：跨职能团队在自己工作的项目上通常会太过于全神贯注。这可能会导致——他们对自己项目所做的主要优化举措可能是、也可能不是该组织最感兴趣的。
跨职能团队往往去优化自己的项目，这可能会伤害企业的整体表现。例如，当不同的项目团队都决定选择自己的架构和第三方组件时，其中可能就会有问题。这种在技术上增加的变化差异使得组织很难支持所有的项目。我敢肯定，当我允许我们所有的项目小组购买他们自己的计算机，并且安装自己钟情的操作系统和开发环境时，我们友善的系统管理员小组将会——用螺丝刀和烙铁——活生生地剥我的皮。
Rick Maurer 认为跨功能团队的成本很高，特别是当组织没有投入足够精力来组建这样的团队，或者组织中的管理层对于团队的支持只是敷衍了事的时候。
同样， Tom Mochal 提出需要有效地管理团队。据 Tom 所言，
管理跨职能资源是在矩阵式组织中工作的结果——在那种组织里面，项目团队的成员全部或者部分从属于不同的职能领域。项目经理需要非常地积极地去管理跨职能的资源。
虽然跨职能团队可能看起来象是处于敏捷场景下最好的解决方案，但是像有效的精力投入、专业人士之间的知识分享、项目之间沟通成本的增加等等重要因素也不容忽视。
Joan Lloyd 和 BNet 在建设高效的跨职能团队方面给出了一些建议。
查看英文原文： Cost of Cross Functional Teams
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